К началу тренерской карьеры Семин уже знал, что такое поражения: после окончания игровой карьеры в 33 года он работал с «Кубанью» и пережил вылет. Опыт в Душанбе с «Памиром», где сумел спасти команду и привлечь внимание руководства, открыл ему дорогу в Москву — министр путей сообщения помог вернуть тренера в «Локомотив». Юрий Павлович собрал коллектив вместе с Юрием Гавриловым и не стал уходить в «Спартак», посчитав это неблагодарным по отношению к клубу и его покровителям.
Результат работы пришел быстро: «Локомотив» поднялся в Высшую лигу и в первые сезоны показывал боевой футбол. Но путь не обходился без трагикомичных и тяжелых эпизодов — у Евгения Дрожжина была ужасная травма голени, которая чуть не стоила ноги, а в кубковом походе 1990-го основного вратаря Вацловаса Юркуса шипами серьезно порезали горло, и команде пришлось играть с бинтованным голкипером. Финал Кубка закончился разгромом от «Динамо», но история того склада команды оставила сильный след.
Поздний ход Семи-на — работа с зарубежными футболистами и нестандартные обмены. Он обменял Александра Головню ради американца Дэйла Малхолланда: Дэйл попал в Москву после эпизода с желанием играть в СССР и впечатлениями от перестройки на ТВ; провел в «Локо» всего восемь матчей, отличился пенальти в одном матче, а в другом промахнулся. Командная жизнь того времени была полна курьезов — в одном из выездов Малхолланда «лечили» смесью водки и перца, а бытовые условия и культура кардинально отличались от американских стандартов.
К финалу эпохи Семин не побоялся использовать новые возможности развала союзного чемпионата: он привлек пятерку литовцев из «Жальгириса», что помогло в борьбе за повышение, а затем те игроки быстро уехали в Европу. После распада СССР и возвращения Семи-на «Локомотив» закрепился в российской элите — тренер умел не только собирать состав, но и искать спонсоров; в частности одна из связей с бизнесом помогла клубу укрепиться финансово.